linux-headers – Header files for Linux
Los headers, o cabeceras del kernel, sirven para compilar modulos sin necesidad del source.
Cuando compilamos un programa en debian, este buscará las fuentes del kernel que tienes instalado, es decir, las fuentes a partir de las cuales lo has compilado. Para esto no hace falta la source, sino sólo los headers o las cabeceras de programación.
Los headers que tienes que hay que usar son las de las fuentes que has usado para compilar el kernel que tienes funcionando ya que si compilamos un programa o un módulo del kernel usando unos headers diferentes, segurmanete tendremos al cargarlos, debido a que el kernel que tienes no reconocerá las instrucciones.