A continuación dejo una referencia a algunos proyectos que me he encontrado referentes a automatizar documentación de software:
- c2man
http://foldoc.doc.ic.ac.uk/foldoc/foldoc.cgi?c2man - Doxygen http://www.doxygen.org/
- DOC++ http://docpp.sourceforge.net/
- cxref
http://www.gedanken.demon.co.uk/cxref/ - pod
http://www.perl.com/pub/doc/manual/html/pod/perlpod.html - robodoc
http://www.xs4all.nl/%7Erfsber/Robo/robodoc.html
Por otro lado, muchos otros son mencionados en comp.programming.literate FAQ http://www.faqs.org/faqs/literate-programming-faq/
Anexo:Comparativa de generadores de documentación http://es.wikipedia.org/wiki/Anexo:Comparativa_de_generadores_de_documentaci%C3%B3n